Visualisation des graphes écologiques

Teachers: 
Jean Hennebert
Denis Lalanne
Student: 
Raphael Tuor
Project status: 
Finished
Year: 
2015

Contexte

Ce projet vise à visualiser les graphes écologiques afin de mieux visualiser les données qui seront sous formes de matrics.
Trois types de graphes seront utilisés:

  • Le « food-web graphe » représente «quelle espèce mange quelle espèce».
  • Le « niche-overlap graphe » représente la compétition entre les prédateurs
  • Le « ressource graphe » représente la compétition entre les proies.

Description

Les fonctionnalités à implémenter dans l’outil sont les suivantes :

  1. Visualisation des données sous forme d’un graphe. (Plusieurs algorithmes peuvent être envisagés pour cette phase).
  2. Donner une information à l’utilisateur sur les nœuds et les liens. Exemples :
    1. Code couleur selon le type des espèces (carnivores, herbivores, basales, omnivores)
    2. Donnant le nom de l’espèce pour chaque nœud
    3. Créer un hyperlien pour renseigner l’utilisateur sur d’autres informations de l’espèce
    4. Visualiser les nœuds en tant qu’image de l’espèce
  3. Créer le niche-overlap et le ressource graphe à partir du food-web donné par l’utilisateur. (L’utilisateur aura le choix de visualiser un des trois graphes)
  4. Implémentation de certaines propriétés des nœuds et/ou des liens (in-out degree, clustering, betweenness, etc)
  5. Visualisation du graphe en fonction des propriétés implémentées au point 4.
  6. D’autres fonctionnalités seront envisageables si le temps le permet.

Technologies

  • L’étudiant pourra reprendre un prototype  développé « dans R » lors d'un stage de deux mois à l EIA-FR
  • L’étudiant pourra choisir de développer son propre Framework